１.過失相殺が特別扱いされない
これは、自賠責では被害者に7割以上の過失のない限り減額はされませんが、政府保障事業の場合には、５％単位で過失相殺がされます。*平成19年4月1日以降の交通事故については、この過失相殺の考えは適用されません。自賠責保険と同様の考えとなります。

２.治療費は健保の単価しか認めない。
これは、自賠責では現実にかかった治療費が限度内で全て認められますが、政府保障事業自由診療で行っても健保単価で計算されたものしか支払われません。

３.他法令調整が行われます。
これは、健康保険や労働保険などからの支払がある場合には、その支払額はすでに支払ったものとして、政府保障事業の支払額から控除されるものです。

４.加害者請求ができない。
政府保障事業は被害者からの請求のみとなります。
加害者不明はもちろんですが、加害者がわかっていて無保険者の場合でも加害者請求はできません。

５.支払までに時間を要する。内払金、仮渡金制度がない。
政府保障事業は、治療費などは全て後払いになり、資力のない被害者にはつらいです。

６.支払までに時間を要する。
政府保障事業の支払までには、場合によっては一年以上かかります。

７.共同不法行為などで、他に一台でも自賠責保険を使用できる場合には、
政府保障は適用されない。